Organisasi dan tata kerja Dinas Kehutanan Provinsi Kalimantan Timur diatur dalam Peraturan Daerah (Perda) Provinsi Kalimantan Timur Nomor 08 Tahun 2008 tentang Organisasi dan Tata Kerja Dinas Provinsi Kalimantan Timur. Sedangkan tugas pokok, fungsi dan dan tata kerjanya diatur berdasarkan Peraturan Gubernur (Pergub) Provinsi Kalimantan Timur Nomor 45 Tahun 2008. Sesuai Perda tersebut, tugas pokok Dinas Kehutanan Provinsi Kalimantan Timur yaitu melaksanakan urusan Pemerintahan Daerah khususnya di Bidang Kehutanan berdasarkan asas Otonomi dan tugas Pembantuan serta tugas Dekonsentrasi. Untuk menyelenggarakan tugas pokok sebagaimana dimaksud, Dinas Kehutanan Provinsi Kalimantan Timur mempunyai fungsi :
- Perumusan kebijakan teknis di bidang kehutanan sesuai dengan Rencana Strategis yang telah ditetapkan Pemerintah Daerah.
- Perencanaan, pembinaan dan pengendalian kebijakan teknis bidang kehutanan.
- Perumusan, perencanaan, pembinaan dan pengendalian kebijakan teknis perencanaan dan tata guna hutan.
- Perumusan, perencanaan, pembinaan dan pengendalian kebijakan teknis produksi dan pemanfaatan hutan.
- Perumusan, perencanaan, pembinaan dan pengendalian kebijakan teknis Peredaran dan industri hasil hutan.
- Perumusan, perencanaan, pembinaan dan pengendalian kebijakan teknis pembinaan perlindungan hutan.
- Penyelenggaraan urusan kesekretariatan.
- Pelaksanaan Unit Pelaksana Teknis Dinas.
- Pembinaan Kelompok Jabatan Fungsional.
- Pelaksanaan tugas lain yang diberikan oleh atasan sesuai dengan bidang tugas dan fungsinya.
Tugas pokok dan fungsi sebagaimana tersebut diatas, adalah tugas pokok dan fungsi yang melekat dan tanggung jawab Kepala Dinas Kehutanan Provinsi Kalimantan Timur. Dalam melaksanakan tugasnya Kepala Dinas Kehutanan Provinsi Kalimantan Timur dibantu oleh :
- Sekretariat
- Kepala Bidang Perencanaan dan Pemanfaatan Hutan
- Kepala Bidang Perlindungan dan Konservasi Sumber Daya Alam Ekosistem
- Kepala Bidang Pengelolaan Daerah Aliran Sungai dan Rehabilitasi Hutan Lahan
- Kepala Bidang Penyuluhan Pemberdayaan Masyarakat Hutan
Serta Kepala UPTD KPHP Dinas Kehutanan, diantaranya :
- KPHP Santan
- KPHP Meratus
- KPHP Bongan
- KPHP Bengalon
- KPHP Kendilo
- KPHP Berau Barat
- KPHP Batu Ayau
- KPHP Sub Das Belayan
- KPHP Telake
- KPHP Manubar
- KPHP Mook Manoor Bulatn
- KPHP Kelinjau
- KPHP Delta Mahakam
- KPHP Damai
- KPHP Berau Utara
- KPHP Berau Tengah
- KPHP Berau Pantai
- KPHL Balikpapan
- KPHL Batu Rook
- Taman Hutan Raya (TAHURA) Bukit Soeharto.